Apotheke Umsatzsteuer

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Apotheken-Umsatzsteuer – Steuerpflicht, Steuersätze und Vorsteuerabzug erklärt

Apotheken sind umsatzsteuerpflichtig und führen gemäß § 1 Abs. 1 Nr. 1 Umsatzsteuergesetz (UStG) 19 % Umsatzsteuer auf nahezu alle Leistungen ab. Arzneimittel unterliegen in Deutschland in der Regel dem vollen Steuersatz von 19 %. Auch auf die meisten anderen Produkte und Leistungen entfällt dieser Satz; nur in wenigen Sonderfällen gilt der ermäßigte Steuersatz von 7 % (z. B. Krankenhausabgaben oder bestimmte Hilfsmittel gemäß Anlage 2 UStG).


Als Apotheker können Sie jedoch die Vorsteuer geltend machen und profitieren durch diesen Vorsteuerabzug von wichtigen Liquiditätsvorteilen.


Bei Steuerberater Sticher – Ihrem Experten für Steuerberatung für Apotheken – erhalten Sie alle relevanten Informationen zu Steuersätzen, Fristen und weiteren Aspekten hinsichtlich der Umsatzsteuer in Apotheken.

Die wichtigsten Fakten zur Apotheken-Umsatzsteuer im Überblick

  • Steuerpflicht und Sätze
  • Steuerpflicht: Apotheken sind grundsätzlich umsatzsteuerpflichtig
  • Steuersatz: 19 % für Arzneimittel und die meisten Apothekenleistungen
  • Ausnahmen: Sehr seltene Steuerbefreiungen nach § 4 UstG (nur bei klar definierten heilberuflichen Leistungen)


  • Vorsteuer und Fristen
  • Vorsteuerabzug: Apotheken sind vorsteuerabzugsberechtigt
  • Abgabefristen: Monatlich bis zum 10. des Folgemonats
  • Dauerfristverlängerung: Möglich gegen Sondervorauszahlung


Was bedeutet die E-Rechnungspflicht ab 2025 für Apotheken?


Ab 2025 gilt die Pflicht zur elektronischen Rechnung (E-Rechnung) im B2B-Bereich. Für Apotheken bedeutet das: Eingangs- und Ausgangsrechnungen müssen in einem strukturierten elektronischen Format übermittelt werden. Es gibt jedoch Übergangsregelungen bis 2026/2027.

Was bedeutet Umsatzsteuerpflicht für Apotheken?


Apotheken sind umsatzsteuerpflichtige Unternehmer im Sinne des Umsatzsteuergesetzes. Sie führen für die meisten Apothekenumsätze Umsatzsteuer an das Finanzamt ab.


Wann sind Umsätze steuerpflichtig?

Vier Bedingungen müssen bei Apothekern für die Umsatzsteuerpflicht erfüllt sein:

  1. Unternehmerische Tätigkeit (liegt bei Apothekenbetrieb vor)
  2. Leistung gegen Entgelt (Verkauf oder Dienstleistung)
  3. Ausführung im Inland (bei deutschen Apotheken gegeben)
  4. Keine Steuerbefreiung nach § 4 UStG

Welche Umsätze sind wie zu behandeln?

  • Steuerbare Umsätze (häufig): Verkauf von Arzneimitteln (19 %), Hilfsmitteln (7 % oder 19 %), Kosmetik (19 %)
  • Steuerfreie Umsätze (nur in eng definierten Fällen): Heilbehandlungen durch Apotheker, soweit sie selbstständig und als Heilbehandlung im engeren Sinn erbracht werden (z. B. Grippeschutzimpfungen, Substitutionsleistungen). Nicht jede pharmazeutische Dienstleistung fällt darunter.
  • Nicht steuerbare Umsätze (privat): Private Geschäfte des Apothekeninhabers haben keine steuerlichen Auswirkungen.


Wie viel Umsatzsteuer zahlt eine Apotheke? Die Steuersätze im Detail 


Das deutsche Umsatzsteuerrecht kennt grundsätzlich zwei Steuersätze: 19 % Regelsteuersatz und 7 % ermäßigter Steuersatz.


Für die Umsatzsteuer in Apotheken gilt: Arzneimittel (verschreibungspflichtig und rezeptfrei) unterliegen dem Regelsteuersatz von 19 %. Nur sehr wenige Lieferungen und Leistungen fallen unter den ermäßigten Satz oder unter Steuerbefreiungen.


Wie hoch ist in Apotheken die Umsatzsteuer bei verschiedenen Produkten?

Umsatzart Steuerpflicht Steuersatz Bemerkung
Verschreibungspflichtige Arzneimittel Ja 19 % Regelsteuersatz Keine Ermäßigung
Rezeptfreie Arzneimittel Ja 19 % Regelsteuersatz Keine Ermäßigung
Hilfsmittel (z. B. Kompressionsstrümpfe) Ja 7 % oder 19 % Abhängig von Anlage 2 UStG und Verordnungsart
Kosmetik und Pflegeprodukte Ja 19 % Regelsteuersatz Reguläre Besteuerung
Pharmazeutische Dienstleistungen (z. B. Medikationsanalyse, Inhalationsschulung) Teilweise umsatzsteuerfrei 0 % oder 19 % Nur bestimmte heilberufliche Leistungen nach § 4 Nr. 14 UStG sind befreit. Andere entgeltliche Beratungen sind mit 19 % zu versteuern.
Beratungsleistungen Ja 19 % Regelsteuersatz Nur bei entgeltlichen Leistungen

Wie funktioniert die Abrechnung der Umsatzsteuer in Apotheken?


Als Apotheker müssen Sie die in Ihrer Apotheke vereinnahmte Umsatzsteuer ordnungsgemäß an das Finanzamt abführen.

Der 5-Schritte-Prozess der Umsatzsteuer-Abrechnung:

  1. Einnahmenerfassung: Alle Umsätze werden automatisch in der Kassensoftware erfasst. Eine ordnungsgemäße Kassenführung ist die Grundlage.
  2. Steuerberechnung: Die Kassensoftware berechnet automatisch die anfallende Umsatzsteuer je Transaktion.
  3. Täglicher Kassenabschluss: Am Ende jedes Geschäftstages erfolgt der Abschluss mit detailliertem Ausweis der Umsatzsteuerbeträge.
  4. Monatliche Meldung: Bis zum 10. des Folgemonats reichen Sie die Umsatzsteuervoranmeldung elektronisch ein.
  5. Zahlung an das Finanzamt: Gleichzeitig mit der Meldung überweisen Sie den fälligen Steuerbetrag.

Was passiert bei Privatentnahmen?


Privatentnahmen sind umsatzsteuerpflichtig (§ 3 Abs. 1b UStG). Wenn Sie Waren aus dem Apothekenbestand privat entnehmen, liegt eine unentgeltliche Wertabgabe vor.


Wichtig: Diese muss in der Umsatzsteuervoranmeldung deklariert werden.

Wie werden Anlagenverkäufe besteuert?


Verkäufe von Anlagengegenständen wie Apothekeneinrichtung oder EDV unterliegen der Umsatzsteuer.


Voraussetzung: Sie haben beim ursprünglichen Kauf Vorsteuer abgezogen.

Welche Fristen gelten für die Umsatzsteuervoranmeldung?


Die Umsatzsteuervoranmeldung ist elektronisch bis zum 10. des Folgemonats beim Finanzamt einzureichen.


Warum gelten monatliche Fristen?

Für Apotheken gelten meist monatliche Abgabetermine, da die jährliche Umsatzsteuer-Zahllast regelmäßig über 7.500 Euro liegt.


Was sind die gesetzlichen Vorschriften?

  • Abgabetermin: Monatlich bis 10. des Folgemonats
  • Übermittlungsweg: Ausschließlich elektronisch über ELSTER
  • Zahlungspflicht: Gleichzeitige Überweisung der Umsatzsteuer erforderlich
  • Verspätungsfolgen: Verspätungszuschlag gemäß § 152 AO

Wie funktioniert die Dauerfristverlängerung?

Bei der Dauerfristverlängerung erhalten Sie einen zusätzlichen Monat Zeit (§ 46 UStDV).


Voraussetzungen:

  • Schriftlicher, fristgerechter Antrag beim Finanzamt
  • Zahlung einer Sondervorauszahlung von 1/11 der letztjährigen Umsatzsteuer-Zahllast


Praktischer Vorteil:  Statt bis zum 10. Januar haben Sie für die Dezember-Voranmeldung bis zum 10. Februar Zeit.

Wie funktioniert der Vorsteuerabzug in Apotheken?


Apotheken sind vorsteuerabzugsberechtigt (§ 15 UStG). Da Sie umsatzsteuerpflichtige Leistungen erbringen, können Apotheken die Umsatzsteuer aus allen betrieblichen Anschaffungen als Vorsteuer abziehen.


Welche Ausgaben in der Apotheke sind vorsteuerabzugsberechtigt?

  • Wareneinkauf (häufigster Fall): Die 19 % Umsatzsteuer auf Arzneimitteleinkäufe sind vollständig als Vorsteuer abziehbar.
  • Geschäftsausstattung: EDV-Systeme, Apothekeneinrichtung, Kassensysteme – die enthaltene Umsatzsteuer reduziert Ihre Steuerlast.
  • Laufende Betriebskosten: Miete, Strom, Telefon, Internet – alle enthaltenen Steuerbeträge sind absetzbar.
  • Dienstleistungen: Steuerberatung, Rechtsberatung, Wartungsverträge, Reinigungsdienste – die 19 % Umsatzsteuer mindern Ihre Zahllast.


Wie groß ist der Liquiditätsvorteil?

Beispiel: Bei einem monatlichen Wareneinkauf von 50.000 € (netto) zahlen Sie 9.500 € Umsatzsteuer an den Lieferanten. Diese 9.500 € erhalten Sie über die Umsatzsteuervoranmeldung vom Finanzamt zurück.

Grenzfälle und Spezialthemen im Apothekenalltag


Im Apothekenalltag entstehen oft komplexe Situationen, die steuerlich sorgfältig zu bewerten sind. Diese Grenzfälle erfordern besondere Aufmerksamkeit und eine sachgerechte Dokumentation.


Wie wird gemischte Nutzung besteuert?

Bei gemischt genutzten Gegenständen ist der Vorsteuerabzug nur anteilig möglich. Typische Fälle sind Firmen-Pkw oder Mobiltelefone mit privater Mitnutzung.


Steuerliche Behandlung:

  • Vorsteuerabzug nur für den betrieblichen Nutzungsanteil
  • Private Nutzung gilt als unentgeltliche Wertabgabe (steuerpflichtig)
  • Dokumentation der Nutzungsaufteilung erforderlich


Wie werden externe Beratungstätigkeiten besteuert?

Wenn Sie als Apotheker externe Unternehmen beraten, unterliegen diese Leistungen der Umsatzsteuerpflicht mit 19 %.


Beispiele: Schulungen, Gutachten, pharmazeutische Fachberatung.


Was bedeutet der Kassenabschlag ab 2025?

Die geplanten Abschläge bei der Kassenabrechnung sind umsatzsteuerlich neutral. Sie reduzieren die Bemessungsgrundlage für die Umsatzsteuer entsprechend.


Regel: Die Umsatzsteuer wird nur auf den tatsächlich erhaltenen Betrag berechnet.


Hinweis: Diese Regelung betrifft die GKV-Abrechnung und wirkt sich nicht auf die Umsatzsteuersätze selbst aus (weiterhin 19 % auf Arzneimittel).

Wer trägt wirtschaftlich die Umsatzsteuer in Apotheken?


Die Umsatzsteuer ist rechtlich von Ihnen als Apotheker an das Finanzamt abzuführen. Wirtschaftlich wird sie jedoch von den Endverbrauchern getragen.


Wie funktioniert die Apotheken-Lieferkette?

  1. Arzneimittelhersteller → Großhandel (mit Vorsteuerabzug)
  2. Großhandel → Apotheke (mit Vorsteuerabzug)
  3. Apotheke → Patient/Krankenkasse (ohne Vorsteuerabzug = Endverbraucher)


Wie beeinflusst die Umsatzsteuer in Apotheken die Preisgestaltung?

  • Bei verschreibungspflichtigen Medikamenten sind die Preise gesetzlich festgelegt und enthalten bereits die 19 % Umsatzsteuer.
  • Bei frei verkäuflichen Produkten können Sie die Preise selbst kalkulieren, sollten aber die Umsatzsteuer von Anfang an in Ihre Preisgestaltung einbeziehen.


Wie steht Deutschland im EU-Vergleich da?

Deutschland liegt mit 19 % Umsatzsteuer auf Arzneimittel im europäischen Mittelfeld. Einige Länder besteuern Medikamente niedriger oder befreien sie vollständig, was zu Preisunterschieden und grenzüberschreitenden Käufen führen kann.

FAQ – Die häufigsten Fragen in Apotheken zur Umsatzsteuer

  • Unterliegt ein Apotheker der Umsatzsteuerpflicht?

    Ja, Apotheken sind als Unternehmen grundsätzlich umsatzsteuerpflichtig und führen für fast alle Leistungen Umsatzsteuer ab.

  • Wie viel Umsatzsteuer zahlt eine Apotheke?

    Das hängt vom Sortiment ab: Arzneimittel sind mit 19 % zu versteuern, Produkte wie Kosmetik oder Nahrungsergänzungsmittel ebenfalls mit 19 %. Hilfsmittel können teilweise mit 7 % besteuert werden. Nur klar definierte Heilbehandlungen (z. B. Impfungen) können steuerfrei sein.

  • Ist ein Apotheker vorsteuerabzugsberechtigt?

    Ja, Apotheker sind vollständig zum Vorsteuerabzug berechtigt.

  • Sind Medikamente umsatzsteuerfrei?

    Nein. Medikamente sind steuerpflichtig und in Deutschland grundsätzlich mit 19 % Umsatzsteuer belegt. Eine politische Diskussion über eine mögliche Absenkung auf 7 % läuft, ist aber bisher (Stand September 2025) nicht umgesetzt.

  • Was passiert nach Wann ist eine Rechnung umsatzsteuerfrei? Betriebsprüfung?

    Rechnungen sind nur in Ausnahmefällen umsatzsteuerfrei, z. B. bei bestimmten Heilbehandlungen, einzelnen pharmazeutischen Dienstleistungen im GKV-Bereich oder bei EU-Exporten.

Hinweis: Die komplexen Regelungen der Apotheken-Umsatzsteuer erfordern oft professionelle Beratung. Steuerberater Sticher unterstützt Sie gerne – von der Eröffnung Ihrer Apotheke über die steueroptimale Führung bis hin zum Verkauf.