Betriebsprüfung in der Apotheke – so bereiten Sie sich optimal vor

Was ist eine Betriebsprüfung in der Apotheke?

Eine Betriebsprüfung ist eine behördliche Kontrolle der Apotheke durch das Finanzamt zur Überprüfung steuerlicher Vorschriften. Sie betrifft meist die letzten 3–4 Jahre und prüft Buchführung, Kassenführung sowie die ordnungsgemäße Erfassung aller Umsätze und Abgaben.

Als Apothekeninhaber sollten Sie sich frühzeitig über den Prozess informieren. Eine gründliche Vorbereitung Ihrer Apotheke auf die Betriebsprüfung minimiert Risiken, verhindert Beanstandungen und sichert die rechtskonforme Führung Ihres Betriebs.

Ablauf und Bedeutung der Betriebsprüfung für Apotheken

Wer sind die Beteiligten an einer Außenprüfung?

• Ein Betriebsprüfer des Finanzamts
• Der Apothekeninhaber als Steuerpflichtiger
• Optional: ein Steuerberater als fachkundige Unterstützung
• Das Apothekenpersonal für Rückfragen zu Betriebsabläufen



Die Anwesenheit eines spezialisierten Steuerberaters ist empfehlenswert, da Apotheken komplexen branchenspezifischen Vorschriften unterliegen.

Auf welche Unterlagen legt das Finanzamt bei einer Betriebsprüfung in Apotheken Wert?

Zentrale Dokumente sind:

• Vollständige Buchführungsunterlagen der letzten 3–4 Jahre
• Tägliche Kassenberichte und Z-Bons
• Rezeptabrechnungen mit Krankenkassen
• Wareneingangsdokumente und Lieferscheine
• Inventurlisten und Lagerbewertungen
• Steuerliche Voranmeldungen und Jahresabschlüsse
• Digitale Kassendaten im Format der DSFinV-K oder GDPdU
• BtM-Bücher und Nachweise nach der BtMVV
  

Wie kann die Kassenführung in der Apotheke sichergestellt werden?

• Grundprinzipien ordnungsgemäßer Kassenführung

Eine ordnungsgemäße Kassenführung erfordert lückenlose Dokumentation aller Bargeschäfte. Jeder Verkaufsvorgang muss durch das Kassensystem erfasst und mit entsprechenden Belegen nachweisbar gemacht werden.

• Tägliche Kassendokumentation

Führen Sie täglich einen Kassenbericht mit Anfangs- und Endbestand. Private Entnahmen müssen klar dokumentiert und von den Geschäftsumsätzen getrennt erfasst werden.

• Technische Anforderungen

Seit dem 1. Januar 2020 besteht die Pflicht zur Verwendung eines manipulationssicheren Kassensystems mit zertifizierter Technischer Sicherheitseinrichtung (TSE). Die Kassensturzfähigkeit muss jederzeit gewährleistet sein.

Tipp: Prüfen Sie regelmäßig, ob Ihr Kassensystem alle GoBD-Anforderungen erfüllt.

Welche Anforderungen gelten für die Buchführung in Apotheken?

• Grundsätze ordnungsmäßiger Buchführung

Die Buchführung muss den Grundsätzen ordnungsmäßiger Buchführung (GoB) entsprechen. Alle Geschäftsvorfälle sind vollständig, richtig und zeitnah zu erfassen.

• Besondere Herausforderungen bei Rezeptabrechnungen

Rezeptabrechnungen stellen eine häufige Fehlerquelle dar. Die Unterscheidung zwischen gesetzlich und privat versicherten Kunden sowie die korrekte Verbuchung von Rabatten sind besonders prüfungsrelevant.

Wie können Sie sich optimal auf die Betriebsprüfung in Ihrer Apotheke vorbereiten?

Unterlagen systematisch vorbereiten

• Buchführungsbelege chronologisch ordnen
• Kassenberichte vollständig archivieren
• Rezeptabrechnungen systematisch ablegen
• Warenwirtschaftsdaten aktuell halten
• Inventurlisten bereitstellen
• DSFinV-K-Exportdateien und digitale Kassendaten vorbereiten
• BtM-Bücher vollständig und ordnungsgemäß führen

Systeme auf Funktionsfähigkeit prüfen

• Kassensystem auf Vollständigkeit testen
• Warenwirtschaftssystem aktualisieren
• Backup-Systeme funktionsfähig halten
• Zugriffsmöglichkeiten für Prüfer vorbereiten

Dokumentation vervollständigen

• Verfahrensdokumentation erstellen und aktualisieren
• Interne Kontrollsysteme etablieren
• Personalschulung dokumentieren
• Fehlerquellen identifizieren und beheben
  

Wie sollten Warenbewegungen und Lagerbestände in Ihrer Apotheke dokumentiert werden?

• Lückenlose Wareneingangsdokumentation

Alle Wareneingänge in Apotheken müssen durch Lieferscheine und Rechnungen belegt werden. Das Warenwirtschaftssystem muss Zu- und Abgänge lückenlos erfassen und jederzeit eine nachvollziehbare Bestandsführung gewährleisten.

• Inventurpflicht und Schwundmanagement

Regelmäßige Inventuren in Apotheken sind Pflicht. Schwund und Verderb müssen ordnungsgemäß ausgebucht und dokumentiert werden. Besonders kritisch sind Abweichungen bei hochpreisigen Medikamenten.

• Besonderheit: BtM-Dokumentation

Für Betäubungsmittel gelten besonders strenge Dokumentationspflichten. Jeder Zu- und Abgang muss unverzüglich dokumentiert und mindestens 3 Jahre aufbewahrt werden. Fehler oder Lücken in der BtM-Dokumentation gehören zu den häufigsten Beanstandungen bei Betriebsprüfungen in Apotheken.

Was wird bei der Verfahrensdokumentation besonders beachtet?

• Pflichtdokument nach GoBD

Die Verfahrensdokumentation ist ein Pflichtdokument zur Beschreibung aller buchhaltungsrelevanten Prozesse. Sie muss den Aufbau von Kassen-, Lager- und Buchungssystemen nachvollziehbar machen.

• Häufige Mängel vermeiden

Fehlende oder veraltete Dokumentation kann zur Verwerfung der Buchführung führen. Häufige Fehlerquellen: unklare Verantwortlichkeiten, fehlende Aktualisierungen, keine Beschreibung technischer Abläufe.

Expertentipp: Lassen Sie Ihre Verfahrensdokumentation jährlich prüfen – am besten gemeinsam mit Ihrem Steuerberater.

Was wird bei der Prüfung von Rezeptabrechnungen besonders beachtet?

• Korrekte Kostenträger-Zuordnung

Die Prüfer kontrollieren die korrekte Zuordnung von Rezepten zu den entsprechenden Kostenträgern.

• Häufige Beanstandungen vermeiden

Typische Fehlerquellen:

• Falsche Zuzahlungsbeträge oder fehlende Nachweise
• Unvollständige oder verspätete Einreichung von Rezepten
• Fehlerhafte Kostenträger-Zuordnung
• Unplausible Zeiträume zwischen Verkauf und Abrechnung

Expertentipp:  Legen Sie Rezepte systematisch ab und führen Sie eine monatliche Abstimmung mit dem Abrechnungszentrum durch.

Wie lässt sich die Plausibilität bei Kassenberichten sicherstellen?

• Abgleich verschiedener Datenquellen

Die Kassenendbestände müssen mit den Warenwirtschaftsdaten übereinstimmen. Prüfer achten auf Plausibilität zwischen Umsatz und Wareneinkauf.

• Wichtige Kennzahlen im Blick behalten

Zentrale Kennzahlen sind Lagerumschlag, Handelsspannen und Verhältnisse zwischen Bar- und EC-Kartenumsätzen. Auffällige Abweichungen erfordern plausible Erklärungen.

Eine kontinuierliche betriebswirtschaftliche Auswertung (BWA) kann genutzt und mit Branchenwerten abgeglichen werden.

Welche typischen Fehlerquellen treten bei Betriebsprüfungen in Apotheken auf?

• Kassensystem-Mängel

Häufige Probleme: fehlende TSE-Zertifizierung, unvollständige Z-Bons, manipulierbare Kassensoftware. Diese führen oft zur Verwerfung der gesamten Kassenführung.

• Fehler bei Rezeptabrechnungen

Typische Beanstandungen: falsche Zuzahlungen, verspätete Einreichungen, fehlerhafte Kostenträger-Zuordnung, unplausible Abrechnungszeiträume.

• Unstimmigkeiten in der Warenwirtschaft

Kritische Punkte: fehlende Belege für Wareneingänge, undokumentierter Schwund, Inventurdifferenzen bei hochpreisigen Medikamenten.

• Buchführungsmängel

Häufige Fehler: unvollständige Belege, verspätete Verbuchungen, private Entnahmen ohne Nachweis, fehlende Verfahrensdokumentation.

• Mängel in der BtM-Dokumentation

Unvollständige Eintragungen, fehlende Nachweise bei Bestandsänderungen oder nicht ordnungsgemäß geführte BtM-Bücher. Verstöße können schwerwiegende rechtliche Konsequenzen haben.

Wie kann eine Apotheke das Risiko einer Betriebsprüfung minimieren?

• Präventive Risikofaktoren beachten

Vermeiden Sie auffällige Gewinnsprünge, ungewöhnliche Handelsspannen und starke Abweichungen von Branchenkennzahlen. Plausible Geschäftsentwicklung reduziert das Prüfungsrisiko erheblich.

• Steuerliche Compliance sicherstellen

Reichen Sie alle Steuererklärungen fristgerecht ein. Führen Sie ordnungsgemäße Umsatzsteuervoranmeldungen durch. Dokumentieren Sie Betriebsausgaben nachvollziehbar.

• Regelmäßige interne Kontrollen

Führen Sie monatliche Abstimmungen zwischen Kasse, Warenwirtschaft und Buchführung durch. Decken Sie Unstimmigkeiten frühzeitig auf und korrigieren Sie diese sofort.

Was sind die Folgen unvollständiger Dokumentation?

• Verwerfung der Buchführung

Eine fehlerhafte oder unvollständige Verfahrensdokumentation kann zur Verwerfung der gesamten Buchführung führen. Dies hat schwerwiegende finanzielle Konsequenzen.

• Finanzielle Belastungen

Mögliche Folgen:

• Gewinnschätzung durch das Finanzamt (meist nachteilig)
• Nachzahlung von Steuern plus Zinsen
• Bußgelder bei vorsätzlichen Verstößen
• Zusätzliche Prüfungskosten
• Schätzung von Privatentnahmen bei unklaren Buchungen
• Festsetzung von Zwangsgeldern bei fehlender Mitwirkung

• Rechtliche Konsequenzen

Bei schwerwiegenden Verstößen drohen strafrechtliche Ermittlungen wegen Steuerhinterziehung.

Professionelle Unterstützung bei der Betriebsprüfung Ihrer Apotheke durch Steuerberater Sticher

Das Team von Steuerberater Sticher unterstützt Sie dabei, alle Anforderungen einer Apotheken-Betriebsprüfung zu erfüllen. Wir bieten umfassende Beratung zu Steuererklärungen, Steuergestaltung und optimaler Betriebsführung.

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Häufige Fragen zur Betriebsprüfung in der Apotheke