Apotheke verkaufen

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Apotheke verkaufen: Ablauf, Wert, Steuern & Nachfolger im Überblick

Auf einen Blick: Der Verkauf einer Apotheke umfasst die Unternehmensbewertung, die Nachfolgersuche, die rechtliche Vertragsgestaltung sowie die steuerliche Optimierung.


Wenn Sie planen, Ihre Apotheke zu verkaufen, ist eine sorgfältige betriebswirtschaftliche Planung beim Verkauf essenziell, um steuerliche Nachteile zu vermeiden und den maximalen Gewinn zu erzielen. Wir von Steuerberater Sticher erbringen regelmäßig Leistungen für Apotheken und verfügen über langjährige Erfahrung. Als erfahrene Apothekenberatung stehen wir Ihnen mit fundiertem Fachwissen während des gesamten Verkaufsprozesses zur Seite. Vertrauen Sie auf die Expertise von Steuerberater Sticher und vereinbaren Sie einen Beratungstermin!

Wie läuft der Verkauf einer Apotheke ab?


Steht eine Apotheke zum Verkauf, läuft der Verkaufsprozess in sieben klar abgegrenzten Phasen ab: Planung, Bewertung, Nachfolgersuche, Verhandlung, Vertrag, Übergabe und steuerliche Abwicklung. 

Jede Phase erfordert spezifische Expertise aus Steuerrecht, Apothekenrecht und Betriebswirtschaft.


Die sieben Phasen des Apothekenverkaufs:

  1. Planung (12–24 Monate vor Verkauf): strategische Vorbereitung, Zieldefinition, steuerliche Weichenstellung
  2. Unternehmensbewertung: Ermittlung des Apothekenwerts anhand von Betriebsergebnis, Substanzwert und Ertragswert
  3. Nachfolgersuche: Identifikation potenzieller Käufer – häufig Approbierte und Existenzgründer – über Apothekenbörsen, Apothekenvermittlung und Netzwerke
  4. Verhandlung: Abstimmung von Kaufpreis, Übergabedatum, Gewährleistung und Wettbewerbsverbot
  5. Kaufvertrag: rechtliche Gestaltung; notarielle Beurkundung nur bei besonderen Konstellationen, z. B. Immobilien- oder Anteilsübertragungen
  6. Übergabe: Der Käufer beantragt vor Betriebsaufnahme eine eigene Betriebserlaubnis; anschließend erfolgt die formale Übergabe der Apotheke einschließlich Warenlager, Verträgen und organisatorischer Abläufe.
  7. Steuerliche Abwicklung: Versteuerung des Veräußerungsgewinns unter Nutzung von Freibetrag und Fünftelregelung


Die gesamte Vorlaufzeit beträgt erfahrungsgemäß zwischen 12 und 24 Monaten. Eine frühzeitige Einbindung eines spezialisierten Steuerberaters wie Steuerberater Sticher sichert steuerliche Vorteile und einen reibungslosen Übergang.

Apotheke verkaufen: In einer Apotheke hängt ein rotes Verkaufsschild an einem Regal.

Wie wird der Wert einer Apotheke ermittelt?


Der Wert einer Apotheke wird in der Praxis vor allem anhand der nachhaltigen Ertragskraft, des Warenlagers, der Ausstattung, des Standorts und der vertraglichen Rahmenbedingungen ermittelt. Neben dem Substanzwert spielen insbesondere bereinigte Betriebsergebnisse und zukünftige Gewinnchancen eine zentrale Rolle.


Orientierungswerte liefert die apoBank-Existenzgründungsanalyse 2024: Bei den von der apoBank begleiteten erstmaligen Apothekenübernahmen lagen die durchschnittlichen Gesamtinvestitionen 2024 bei 811.000 € – und damit 14 Prozent höher als 2023. Die Spannbreite war groß: Jeder zehnte Existenzgründer investierte 50.000 € oder weniger für eine Übernahme, jeder fünfte dagegen 1 Million € oder mehr. Bei der Übernahme und Ausstattung einer Filialapotheke lagen die durchschnittlichen Investitionen bei 722.000 €. Wer einen Apothekenverbund kaufte, investierte für Übernahme, Warenlager, Investitionen und Betriebsmittel durchschnittlich 1,7 Millionen €.

Diese Zahlen dienen als Orientierung, ersetzen aber keine individuelle Apothekenbewertung. Sie bilden Gesamtinvestitionen aus der apoBank-Analyse ab und sind nicht mit einem allgemeingültigen Marktwert oder einem reinen Kaufpreis gleichzusetzen. Der konkrete Wert einer Apotheke hängt insbesondere von Ertragskraft, Standort, Wettbewerbssituation, Mietvertrag, Warenlager, Investitionsbedarf und Übergabestruktur ab.


Die fünf zentralen Bewertungsfaktoren:

Faktor Inhalt
Betriebsvermögen Ausstattung, Einrichtung, Warenlager, Vorräte und ggf. Immobilien
Ertragskraft Umsatz, Rohertrag, Betriebsergebnis, Rentabilität und Cashflow der letzten drei Jahre
Wettbewerbssituation Reputation, Stammkundenanteil, Kundenbindung und Wettbewerbsdichte in der Region
Standortfaktoren Geografische Lage, Einzugsgebiet, Passantenfrequenz und Erreichbarkeit
Rechtliche Aspekte Laufende Verträge, Mietkonditionen, offene steuerliche Verpflichtungen

Steuerberater Sticher erstellt Ihnen eine fundierte Bewertung und identifiziert werttreibende Hebel vor dem Verkauf der Apotheke.

Welche Steuern fallen beim Apothekenverkauf an?


Steht eine Apotheke zum Verkauf, fällt primär Einkommensteuer auf den Veräußerungsgewinn an. Zusätzlich kann Umsatzsteuer entstehen, wenn keine Geschäftsveräußerung im Ganzen vorliegt. Gewerbesteuer ist insbesondere bei laufenden Gewinnen relevant; der Gewinn aus der Veräußerung einer Einzelapotheke durch eine natürliche Person unterliegt jedoch regelmäßig nicht der Gewerbesteuer. Bei Personengesellschaften und besonderen Strukturen sollte § 7 GewStG gesondert geprüft werden. Die Höhe der Steuerlast hängt von der Verkaufsart, dem Alter des Inhabers und der konkreten betrieblichen Struktur bzw. Rechtsform der Apotheke ab.

Apotheke verkaufen: Vor einer Apotheke geben sich zwei Menschen die Hand.

Übersicht der relevanten Steuern:

Steuerart Anwendung Rechtsgrundlage
Einkommensteuer Auf den Veräußerungsgewinn bei Einzelunternehmen und Personengesellschaften § 16 EStG
Fünftelregelung Tarifermäßigung für außerordentliche Einkünfte; sie mildert rechnerisch die Progressionswirkung § 34 Abs. 1 EStG
Freibetrag Der Freibetrag beträgt bis zu 45.000 € und wird um den Betrag gekürzt, um den der Veräußerungsgewinn 136.000 € übersteigt. Ab einem Veräußerungsgewinn von 181.000 € entfällt der Freibetrag vollständig. § 16 Abs. 4 EStG
Umsatzsteuer Grundsätzlich nicht bei einer Geschäftsveräußerung im Ganzen, sofern der Käufer das Unternehmen fortführt § 1 Abs. 1a UStG
Gewerbesteuer Laufende Gewinne unterliegen grundsätzlich der Gewerbesteuer. Der Veräußerungsgewinn einer Einzelapotheke durch eine natürliche Person ist regelmäßig nicht gewerbesteuerpflichtig; bei Personengesellschaften und besonderen Strukturen ist eine Einzelfallprüfung erforderlich. § 7 GewStG

Der Veräußerungsgewinn berechnet sich aus dem Verkaufspreis abzüglich Buchwert des Betriebsvermögens und Veräußerungskosten. Bei einer Geschäftsveräußerung im Ganzen (§ 1 Abs. 1a UStG) fällt keine Umsatzsteuer an, sofern die wesentlichen Betriebsgrundlagen übertragen werden und der Käufer das Unternehmen fortführt. Steuerberater Sticher prüft die optimale Konstellation aus Freibetrag, Tarifermäßigung und Übergabezeitpunkt individuell für Ihre Situation. 

Wie kann ich beim Apothekenverkauf Steuern sparen? 


Sie können beim Apothekenverkauf Steuern sparen, indem Sie den Verkauf frühzeitig planen und steuerliche Begünstigungen rechtzeitig prüfen lassen. Besonders relevant sind der Veräußerungsfreibetrag nach § 16 Abs. 4 EStG, die Tarifermäßigung nach § 34 Abs. 1 EStG sowie der richtige Übergabezeitpunkt. Welche Gestaltung im Einzelfall sinnvoll ist, hängt unter anderem von der Höhe des Veräußerungsgewinns, dem übrigen zu versteuernden Einkommen, dem Alter des Inhabers und der konkreten Verkaufsstruktur ab. 


Die fünf wirksamsten Steuersparhebel: 

  • Veräußerungsfreibetrag prüfen: Der Freibetrag nach § 16 Abs. 4 EStG beträgt bis zu 45.000 € und kann ab Vollendung des 55. Lebensjahres oder bei dauernder Berufsunfähigkeit einmalig beantragt werden. Er wird ab einem Veräußerungsgewinn von 136.000 € schrittweise gekürzt und entfällt ab 181.000 € vollständig.
  • Tarifermäßigung nach § 34 Abs. 1 EStG prüfen: Die Fünftelregelung verteilt den Veräußerungsgewinn nicht tatsächlich auf fünf Jahre, sondern mildert rechnerisch die Progressionswirkung im Jahr der Veräußerung.
  • Ermäßigten Steuersatz nach § 34 Abs. 3 EStG prüfen: Alternativ kann unter bestimmten Voraussetzungen der ermäßigte Steuersatz nach § 34 Abs. 3 EStG in Betracht kommen. Er beträgt 56 Prozent des durchschnittlichen Steuersatzes, mindestens jedoch 14 Prozent, und kann nur einmal im Leben genutzt werden. 
  • Übergabezeitpunkt optimieren: Der Zeitpunkt des Apothekenverkaufs kann die Steuerlast beeinflussen, insbesondere wenn im Verkaufsjahr weitere hohe Einkünfte anfallen. 
  • Nachfolge- und Übertragungsstruktur gestalten: Bei familieninterner Nachfolge, teilentgeltlicher Übertragung oder komplexeren Filialstrukturen sollten einkommensteuerliche sowie schenkung- und erbschaftsteuerliche Folgen frühzeitig geprüft werden. 


Je nach Höhe des Veräußerungsgewinns können der Veräußerungsfreibetrag nach § 16 Abs. 4 EStG und die Tarifermäßigung nach § 34 Abs. 1 EStG die Steuerlast reduzieren. Da der Freibetrag bereits ab einem Veräußerungsgewinn von 181.000 € vollständig entfällt, ist bei höheren Veräußerungsgewinnen vor allem die individuelle Prüfung der Tarifermäßigung entscheidend. Sinnvoll ist eine Planung idealerweise 12 bis 24 Monate vor dem geplanten Verkaufstermin, damit Bewertung, Übergabestruktur und steuerliche Gestaltung rechtzeitig abgestimmt werden können. 


Steuerberater Sticher berechnet für Sie individuell, welche Gestaltung beim Verkauf Ihrer Apotheke steuerlich am günstigsten ist. 

Was ist der Unterschied zwischen interner und externer Nachfolge?


Die interne Nachfolge bezeichnet die Übergabe innerhalb der Familie oder an Mitarbeiter, die externe Nachfolge den Apothekenverkauf an fremde Dritte. Interne Nachfolgen können – insbesondere bei unentgeltlicher oder teilentgeltlicher Übertragung innerhalb der Familie – steuerliche Begünstigungen bieten. Externe Käufer sind häufig Approbierte und Existenzgründer, die eine Apotheke eröffnen möchten oder ihren bestehenden Verbund von Filialapotheken erweitern möchten.


Vergleich interner und externer Nachfolge:

Kriterium Interne Nachfolge Externe Nachfolge
Empfänger Familie, Mitarbeiter Fremder Käufer
Steuerliche Begünstigungen Bei unentgeltlicher oder teilentgeltlicher Übertragung können erbschaft- und schenkungsteuerliche Begünstigungen für Betriebsvermögen in Betracht kommen Regelmäßig einkommensteuerliche Begünstigungen wie Freibetrag und Tarifermäßigung zu prüfen
Kaufpreis Oft unter Marktwert (Schenkungsanteil) Marktwert
Vertrauensbasis Hoch Muss aufgebaut werden
Dauer der Suche Kurz 6–18 Monate
Vorteile Hohe Vertrauensbasis, kürzere Suchzeit, mögliche erbschaft- und schenkungsteuerliche Begünstigungen bei unentgeltlicher oder teilentgeltlicher Übertragung, fließender Übergang ohne Betriebsstörung Verkauf der Apotheke zum vollen Marktwert, größere Käuferreichweite, klarer betriebswirtschaftlicher Schnitt, höhere Liquidität
Nachteile Häufig Kaufpreis unter Marktwert, mögliche familieninterne Konflikte, Abhängigkeit von Eignung und Bereitschaft des Nachfolgers 6–18 Monate Suchdauer, höhere Diskretionsanforderungen, intensivere Due Diligence durch fremde Käufer
Hände unterschreiben ein Dokument an einem Holztisch mit Stift und Papier gegenüber einer anderen Person.

Wie finde ich einen Nachfolger für meine Apotheke?


Sie finden einen Nachfolger für Ihre Apotheke über Apothekenbörsen, Vermittlungsplattformen, Apothekerkammern, Berufsverbände und spezialisierte Steuerberater. In Ballungsräumen ist die Nachfragesituation günstig, da viele Approbierte dort gezielt eine Apotheke kaufen möchten. In ländlichen Regionen erfordert die Suche eine längere Vorlaufzeit und aktive Netzwerkarbeit.


Die fünf effektivsten Wege zur Nachfolgersuche:

  • Apothekenbörsen: Plattformen wie aposcout.de oder spezialisierte Nachfolgebörsen für Apotheken
  • Apothekenkammern und Berufsverbände: regionale Kammerbörsen, Verbandsnetzwerke und berufliche Kontakte innerhalb der Apothekerschaft
  • Apothekenvermittlung: spezialisierte Apothekenvermittler und Makler wie die Apobank-Unternehmensberatung
  • Persönliches Netzwerk: Kollegen, Pharmaziestudenten, Filialleiter, Angestellte
  • Spezialisierte Steuerberater: Kanzleien mit Branchenfokus vermitteln diskret zwischen Verkäufer und Käufer

Pro und Contra der Nachfolgersuchwege:

Suchkanal Pro Contra
Apothekenbörsen, z. B. aposcout.de Große Reichweite, transparente Marktübersicht Geringe Diskretion, viele unverbindliche Anfragen
Apothekenkammern und Berufsverbände Branchennahe Kontakte, regionale Reichweite, seriöser Rahmen Reichweite je nach Region begrenzt
Apothekenvermittlung, z. B. Makler oder apoBank Vorqualifizierte Käufer, professionelle Begleitung Provision kann anfallen
Persönliches Netzwerk Hohes Vertrauen, oft schneller Abschluss Begrenzte Kandidatenzahl, Risiko der Indiskretion
Spezialisierte Steuerberater Maximale Diskretion, Steuer- und Bewertungsexpertise in einer Hand Begrenzter eigener Käuferpool – meist Kombination mit anderen Kanälen

Warum sollte ich Steuerberater Sticher für den Apothekenverkauf hinzuziehen?


Steuerberater Sticher verfügt über mehr als 20 Jahre Kanzleierfahrung und begleitet Apothekeninhaber an den Standorten Hameln, Hannover und Bielefeld durch den Verkaufsprozess. Die Kanzlei kombiniert steuerliches Fachwissen, Erfahrung in der Apothekenberatung und betriebswirtschaftliche Bewertungskompetenz.


Leistungen von Steuerberater Sticher beim Apothekenverkauf:

  • Unternehmensbewertung nach anerkannten Bewertungsstandards
  • Steueroptimierung mit Nutzung von § 16 und § 34 EStG
  • Gestaltung des Kaufvertrags in Zusammenarbeit mit Fachanwälten
  • Begleitung der Due Diligence durch den Käufer
  • Nachfolgeplanung bei interner Übergabe (Familie, Mitarbeiter)
  • Laufende Buchhaltung der Apotheke und Kassenführung vor Verkauf der Apotheke


Vertrauen Sie auf die Erfahrung von Steuerberater Sticher und vereinbaren Sie einen ersten Beratungstermin!